《真女神转生3 狂热版 HD重置》,「东京已死,然而我却新生(东京が死んで、仆が生まれた)」200X某日,在东京都就读高中的主角应邀与同班同学探望留院的班主任。在乘坐地铁的路程中在小睡中看到班主任发出的启示,得知世界在片刻后将要迎接为准备重生而带来的毁灭。主角离开地铁站时听到周遭人满不在乎的公园工地流血暴力事件,碰上想采访事件的神秘学记者。抵达了充满谣言的医院后终於与两个约好的同学会合,游荡中遇上暴力事件的中心人物冰川,在准备召唤恶魔下毒手之际获班主任相救,被带到屋顶目击班主任所指的毁灭 ── 东京受胎,世界被破坏、除了留在下了结界的医院外全部生命都被消灭。东京被裹覆在一球体内,其正中央是为这受胎输出能量的迦具土(カグツチ),如此构成了旋涡界(ボルテクス界),等候创世的摄理(コトワリ)为世界带来新生。